สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษามีอำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบในการศึกษา วิเคราะห์ วิจัย ปัญหาและแนวทางการพัฒนาการอุดมศึกษาและจัดทำข้อเสนอนโยบายและมาตรฐานการอุดมศึกษา จัดทำแผนพัฒนาการอุดมศึกษาให้สอดคล้องกับความต้องการตามแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ และแผนการศึกษาแห่งชาติและพันธสัญญาที่เป็นไปตามข้อเสนอตกลงระหว่างประเทศ พร้อมทั้งวิเคราะห์ หลักเกณฑ์ และแนวทางการสนับสนุนทรัพยากร จัดตั้ง จัดสรรงบประมาณอุดหนุนสถาบันอุดมศึกษาและวิทยาลัยชุมชนตามหลักเกณฑ์และแนวทางที่กำหนด ตลอดจนเสนอแนะการจัดตั้ง ยุบ รวม ปรับปรุงและยกเลิกสถาบันอุดมศึกษาและวิทยาลัยชุมชนนอกจากนี้ สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษายังมีหน้าที่ประสานและส่งเสริมการดำเนินงานพัฒนาทรัพยากรมนุษย์และศักยภาพนักศึกษา รวมทั้งผู้พิการ ผู้ด้อยโอกาส ในระบบอุดมศึกษา และการประสาน ส่งเสริมสนับสนุนการวิจัยเพื่อสร้างองค์ความรู้ใหม่ และเพื่อสนับสนุนการพัฒนาประเทศ รวมทั้งพัฒนาระบบและดำเนินการติดตาม ตรวจสอบและประเมินผลการจัดการอุดมศึกษา และการรวบรวมข้อมูล จัดทำสารสนเทศด้านการอุดมศึกษา และดำเนินงานฝ่ายเลขานุการคณะกรรมการการอุดมศึกษาและคณะกรรมการข้าราชการพลเรือนในสถาบันอุดมศึกษา ตลอดจนปฏิบัติงานอื่นใดตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นอำนาจหน้าที่ของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา หรือตามที่กระทรวงหรือคณะรัฐมนตรีมอบหมาย

โครงสร้างการแบ่งส่วนราชการสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา

1. สำนักอำนวยการ (สอ.)
2. สำนักนโยบายและแผนการอุดมศึกษา (สนผ.)
3. สำนักประสานและส่งเสริมกิจการอุดมศึกษา (สสอ.)
4. สำนักมาตรฐานและคุณภาพอุดมศึกษา (สมอ.)
5. สำนักยุทธศาสตร์อุดมศึกษาต่างประเทศ (สยต.)
6. สำนักส่งเสริมและพัฒนาศักยภาพอุดมศึกษา (สพน.)
7. สำนักส่งเสริมและพัฒนาสมรรถนะบุคลากร (สพบ.)
8. สำนักติดตามและประเมินผลอุดมศึกษา (สตป.)*
9. สำนักนิติการ (สนก.)*

*หน่วยงานภายในที่จัดตั้งขึ้นใหม่